Denúncias dando conta de que o Hospital Municipal São Francisco Xavier estaria recebendo pacientes infectados pelo coronavírus sem as condições de higiene e segurança adequadas, a 1ª Promotoria de Justiça de Tutela Coletiva da Saúde da Região Metropolitana I, instaurou Inquérito Civil para apurar como está funcionando a unidade mantida pela Prefeitura de Itaguaí.
As denúncias recebidas através da Ouvidoria do Ministério Público dão conta de que o HMSFX não contaria com falta de equipamentos de proteção individuais, respiradores e testes diagnósticos, além da existência de vetores de doenças e ausência de separação dos pacientes infectados com o novo coronavírus dos demais. O MP foi comunicado ainda de que funcionários com sintomas da covid-19 estariam sendo obrigados a trabalhar para atender à demanda, "sendo-lhes negado direito a licença médica, mesmo após perícia realizada pelo próprio município".