A gestão de Witzel foi abalada pelas irregularidades na pasta então comandada por Edmar Santos, exonerado e depois nomeado em outra função, o que para alguns seria "um jeitinho para garantir foro privilegiado" Superfaturamento, favorecimento a empresas na hora de escolher os fornecedores e fraude na dispensa de licitação. É o que o Tribunal de Contas do Estado do Rio de Janeiro encontrou ao analisar os processos de compra de mil respiradores por dispensa de licitação feita pela Secretaria Estadual de Saúde em nome do enfrentamento da covid-19. As irregularidades constam de relatório de um auditoria do TCE (confira aqui), documento que destaca sobrepreço de R$ 123.588.000 e aponta o ex-secretário de Saúde Edmar Alves dos Santos e o ex-subsecretário Gabriell Carvalho Neves Franco, como "principais responsáveis" por elas.
Eleito com discurso de moralidade, o ex-juiz Wilson Witzel assumiu o governo do estado prometendo arrumar a casa e varrer a corrupção, mas há dez dias a Polícia Federal fez uma operação para prender um dos maiores credores do estado, o empresário Mario Peixoto, que, segundo as investigações, comandava um esquema que estaria operando ainda nos dias de hoje. Isto ocorreu uma semana depois das prisões de membros do atual governo, apontados como responsáveis pela contratação das obras de implantação de hospitais de campanha e compra de equipamentos para eles. Para algumas lideranças políticas, os últimos acontecimentos mostram que “caiu a máscara do governo da moralidade”.